โรงเรียนอนุบาลพิบูลมังสาหารวิภาคย์วิทยากร ได้ทำการเปิดเรียนมาก่อนที่วัดสระแก้วรังษี โดยเปิดสอนระดับชั้นประถมปีที่ 1 ถึงชั้นประถมปีที่ 2 เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2449 โดยมีนายล้อม ทองพิทักษ์ เป็นครูใหญ่ นายทอน สุวรรณกูฎ นายทอง แสนทวีสุข เป็นครูสายผู้สอน ดำเนินการโดยเงินศึกษาพลีเงินบริจาคเป็นค่าตอบแทนไม่มีเงินเดือน ต่อมานักเรียนมากสถานที่คับแคบ ได้แบ่งนักเรียนไปเรียนที่วัดหลวง ชื่อโรงเรียนขณะนั้นยังไม่มีแต่ใช้ชื่อโรงเรียนประจำอำเภอ
พ.ศ. 2464 ทางราชการได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติประถมศึกษา พ.ศ. 2464 ได้เกณฑ์นักเรียนเข้าเรียน จึงแบ่งนักเรียนนอกบังคับไปเรียนที่วัดสระแก้วรังษี มีนายกุคำ สุทธิกุล เป็นครูใหญ่ เป็นโรงเรียนประจำอำเภอ นักเรียนในเกณฑ์บังคับเรียนที่วัดหลวง มีนายถวิล พรหมลักษณ์ เป็นครูใหญ่ เป็นโรงเรียนประจำตำบล และได้นำนักเรียนในเกณฑ์บังคับชั้นประถม 4 เรียนที่วัดกลางอีก เพราะวัดหลวงสถานที่คับแคบ แต่ให้เป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนประจำตำบลที่วัดหลวง ให้นายคำ เจริญศรี ดำเนินการสอน
ปีพ.ศ.2466 พระวิภาคย์พจนกิจ นายอำเภอได้ทำการก่อสร้างอาคารเรียนถาวรแบบทรงปั้นหยาขนาด 8 ห้องเรียน วัสดุที่ใช้ในการก่อสร้างเป็นวัสดุที่ใช้ขวานแปรรูปทั้งสิ้น ในที่ดินซึ่งจับจองโดยพระวิภาคย์พิจนกิจ ซึ่งเป็นที่ดิน ที่ตั้งโรงเรียนปัจจุบัน ใช้เวลาในการก่อสร้างประมาณ 3 ปี จึงแล้วเสร็จ ได้รวมนักเรียนที่วัดสระแก้วรังษี วัดหลวง วัดกลาง เรียนที่อาคารสร้างใหม่ เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน 2469 เป็นครั้งแรกและเป็นโรงเรียนประจำอำเภอ ชื่อว่า โรงเรียนพิบูล “วิภาคย์วิทยากร” เป็นอนุสรณ์แด่พระวิภาคย์พจนกิจนายอำเภอผู้ดำริในการก่อสร้างและจับจองที่ดินเป็นในสมบัติของโรงเรียน มี นายเขียน สูนานนท์ เป็นครูใหญ่คนแรก เมื่อยกเลิกเงินศึกษาพลีแล้ว ได้ใช้เงินบำรุงของรัฐประเภทเงินประถมศึกษาเป็นค่าใช้จ่ายในการดำเนินกิจการ มีการจัดการศึกษามาจนถึงปัจจุบัน ตามลำดับดังนี้
พ.ศ. 2469 – 2470 เปิดเรียนตั้งแต่ ป. 1 – 6
พ.ศ. 2470 – 2482 ลดชั้น ป. 5 – 6 ออก เหลือชั้น ป. 1 – 4
พ.ศ. 2483 โอนกิจการให้เทศบาล จัดการศึกษา
พ.ศ. 2486 โอนกิจการคืนให้กระทรวงศึกษาธิการ
พ.ศ. 2497 เปิดเรียนชั้นเด็กเล็ก
พ.ศ. 2520 รวมเป็นโรงเรียนเดียวกันกับโรงเรียนพิบูลมังสาหาร
พ.ศ. 2521 เปลี่ยนชื่อโรงเรียนจาก “วิพากย์วิทยากร”เป็น”วิภาคย์วิทยากร”
พ.ศ. 2523 โอนสังกัดสำนักงานคณะกรรมการประถมศึกษาแห่งชาติ
พ.ศ. 2546 โอนสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
พ.ศ. 2556 เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น “โรงเรียนอนุบาลพิบูลมังสาหารวิภาคย์วิทยากร”